برخی افراد نا آگاه و یا مغرض سعی دارند مشی حوزه‏ های نجف و قم را از هم متمایز بدانند و از این رهگذر، افتراقی بین جهان تشیع ایجاد کنند.
به گزارش خبرگزاری حوزه،  مرتضی نجفی قدسی در یادداشتی با عنوان «قم و نجف دو بال جهان تشیع هستند» آورده است:
بسم الله الرحمن الرحیم
«وَأَطِیعُواْ اللّهَ وَرَسُولَهُ وَلاَ تَنَازَعُواْ فَتَفْشَلُواْ وَتَذْهَبَ رِیحُکُمْ وَاصْبِرُواْ إِنَّ اللّهَ مَعَ الصَّابِرِینَ» (انفال،۴۶)
و از خدا و پیامبرش اطاعت کنید و با همدیگر نزاع و کشمکش نکنید چون سست و بی رمق می‏شوید و هیبتتان هم از بین می‏رود و صبر و مقاومت کنید و بدانید که خدا با صابران است.
*     *     *
در سال‌های اخیر گاهی برخی افراد نا آگاه و یا مغرض این گزاره را مطرح می‏کنند که مکتب قم چنین است و یا مکتب نجف چنان است و با این صغری و کبرای نادرست نتایج غلطی هم استنباط می‏کنند و عده‏ای ساده و نا آگاه هم باور می‏کنند که راه اینها از هم جداست گر چه هر دو حوزوی و شیعه اثنی عشری هستند!
در پی دیدار پاپ با مرجع تقلید شیعیان در نجف، به‌خصوص این نغمه سرایی‏ها بیشتر شده و متأسفانه عده‏ای به طبل اختلاف می‏کوبند و بعضا حرمت شکنی 
هم می‏‌کنند و این دقیقا همان چیزی است که دشمن مکار می‏خواهد تا از موضوعی تفسیر و القای غلط بکند و بین دو ملت بزرگ ایران و عراق و حوزه‏های قم و نجف که دو بال جهان تشیع هستند، اختلاف افکنی کند.
ما برای اثبات بطلان این مطلب لازم است به سابقه حوزه‌‏های ایران و عراق نگاهی داشته باشیم و ببینیم که آیا واقعا این حوزه‌‏ها در ادوار مختلف تاریخی متفاوت بوده‌اند و هر یک مکتب جداگانه‏ای محسوب می‏شوند و یا خیر این گزاره از اساس غلط و  نادرست است.
  لزوم توجه به دوران ۲۵۰ ساله ائمه اطهار (ع)
اولا این نکته را متذکر می‏‌شویم که دوران ۲۵۰ سال ائمه اطهار علیهم السلام هیچ‌کدامشان یکسان نیست و هر یک از آن ذوات مقدسه بر اساس شرایط زمان و مکان خود و مصلحتی که تشخیص می‏دادند عمل می‏کردند و ما چون آن‌ها را «کُلّهم نور واحد» می‏دانیم عملکرد همه آن‌ها را یکی می‏دانیم گر چه از لحاظ شکلی متفاوت هستند، ما نمی‏توانیم بگوییم که مثلا حضرت امام حسن مجتبی (ع) صلح طلب 
بود و یا حضرت امام حسین (ع) انقلابی بود و یا امام سجاد (ع) فقط سرش در دعا و مناجات بود و یا امام باقر و امام صادق علیهم السلام هم فقط اهل درس و بحث بودند! همه اینها یکی هستند یعنی اگر امام حسن (ع) هم در زمان امام حسین (ع) 
واقع می‏شد همان کار حضرت سید الشهدا را انجام می‏داد و بالعکس و یا اگر امام حسین (ع) در زمان امام صادق (ع) واقع می‏شد همان کار حضرت صادق (ع) را انجام می‏دادند و بالعکس، شکل‏ها به حسب ظاهر متفاوت است ولی ماهیت یکی است و هیچ فرقی با هم ندارند و ما اگر این معنا را بفهمیم بسیاری از مسائل برایمان حل خواهد شد.
ما برایمان تمام ائمه اطهار واجب الاطاعه هستند و همه آن‌ها حجت الهی بوده‌اند و عملشان بر اساس عصمت بوده است و نعوذ بالله هیچ اشکال و ایرادی را به نحوه عملکرد آنان مطلقا وارد نمی‏دانیم.
علمای بزرگ شیعه هم که جانشینان حضرت ولی عصر ارواحنا فداه در روی زمین هستند، سلوکشان تابع سلوک پیامبر اکرم (ص) و ائمه اطهار (ع) است، آنان با استفاده از قرآن به عنوان منبع متقن وحی الهی و فرمایشات حضرات معصومین (ع) و با تعقل در شرایط زمانی و مکانی و رعایت مصالح عمومی جامعه اسلامی به راهکاری می‏رسند و بر آن اساس عمل می‏‌کنند.
   خداوند از علما عهد و پیمان گرفته که در برابر ظلم ظالمان به مظلومان سکوت نکنند
ثانیا این نکته را متذکر می‏شویم که اصول و قواعدی در آموزه‏های اهل بیت (ع) هست که هیچ‌گاه یک عالم نمی‏تواند خلاف آن عمل کند و باید در همان خط سیری که ائمه (ع)‌ ترسیم کرده‌اند رفتار کند، مثلا امیرالمؤمنین علی (ع) می‏فرمایند: «وَ مَا أَخَذَ اللَّهُ عَلَی الْعُلَمَاءِ أَنْ لَا یُقَارُّوا عَلَی کِظَّةِ ظَالِمٍ وَ لَا سَغَبِ مَظْلُومٍ … » خداوند از علما عهد و پیمان گرفته که در برابر شکم بارگی ستمگران و گرسنگی مظلومان سکوت نکنند! (خطبه ۳ نهج البلاغه)
و باز حضرت در نامه ۴۷ نهج البلاغه می‏فرمایند: «کُونَا لِلظَّالِمِ خَصْماً وَ لِلْمَظْلُومِ عَوْناً» یعنی همیشه دشمن ظالم و یاور مظلوم باشید. خوب اینها قواعد کلی است که در قرآن و آموزه‏های اهل بیت (ع) جهت حرکت و وظیفه علما را مشخص کرده است و طبیعی است که عالمان تشیع همواره در همین چارچوب حرکت کرده اند، یعنی همواره پشت و پناه مردم مظلوم بوده‌اند و در مقابل ظالمان و ستمگران ایستادگی می‏کرده‌اند حالا اشکالش متفاوت است.
    حوزه نجف در تقابل با استعمار انگلستان و فتوای جهاد آیت الله العظمی سید محمد کاظم یزدی
حوزه نجف که سابقه‏ای بیش از یک‌هزار ساله دارد، هیچ‌گاه در مقابل ظلم و ستم خاموش نبوده است و همواره قیام و جهاد  علمای این حوزه بر علیه ظالمان و مستکبران اظهر من الشمس بوده است که به نمونه‏‌هایی از آن می‏پردازیم.
در زمان جنگ جهانی اول که دول اسلامی مورد حمله قرار گرفت و قوای ایتالیا به لیبی حمله کرد و انگلیسی‏ها به عراق و روس‌ها و انگلیسی‏ها با هم به ایران حمله کردند، آیت الله العظمی سید محمد کاظم یزدی از مراجع عظام نجف صاحب عروة الوثقی فرمان جهاد صادر کرد. در فتوای جهاد این مرجع بزرگ نجف چنین آمده است: «بسم الله الرحمن الرحیم در این ایام که دول اروپایی مانند ایتالیا به طرابلس غرب (لیبی) حمله نموده و از طرفی روس‌ها شمال ایران را با قوای خود اشغال کرده‌اند و انگلیسی‌ها نیز نیروهای خود را در جنوب ایران پیاده کرده‌اند و اسلام را در معرض خطر نابودی قرار داده اند، بر عموم مسلمین از عرب و ایرانی، واجب است که خود را برای عقب راندن کفار از ممالک اسلامی، مهیا سازند و از بذل جان و مال در راه بیرون راندن نیروهای ایتالیا از طرابلس غرب و  اخراج قوای روسی و انگلیسی از ایران هیچ فروگذار نکنند زیرا این عمل از مهم‌ترین فرایض اسلامی است تا به یاری خداوند دو مملکت اسلامی از تهاجم صلیبی‏ها محفوظ بماند. سید محمد کاظم یزدی».
ملاحظه می‏‌فرمایید که این مرجع بیدار با فتوای خود چگونه از جهان اسلام اعم از شیعه و سنی دفاع می‏کند و عرب و عجم را بر ضد قوای دشمن به حرکت در می‏آورد و این فتوا نشان داد که حفظ کشورهای اسلامی چقدر برای علما مهم است و آنان حتی در زمان غیبت حضرت حجت (ع) می‏توانند فرمان جهاد صادر کنند.
در زمان اشغال عراق در جنگ جهانی اول توسط انگلیسی‏ها علمای نجف و کربلا فتوای جهاد دادند و عده زیادی از مجتهدان بزرگ و طلاب در کنار عشایر غیور عراق از بصره و ناصریه و کوت تا نجف و کربلا و بغداد لباس رزم پوشیدند و با اشغالگران انگلیسی به جنگ پرداختند. در این جنگ آیت الله العظمی سید محمد طباطبایی فرزند بزرگ آیت الله العظمی سید محمد کاظم یزدی و برادرش سید محمود طباطبایی و آیت الله العظمی مصطفی کاشانی و فرزندش سید ابوالقاسم کاشانی، آیت الله العظمی محمد تقی خوانساری، آیت الله العظمی محمد حسین کاشف الغطاء، آیت الله العظمی سید محسن حکیم و بسیاری دیگر از علما در صف اول نبرد با انگلیسی‏ها بودند.
   فتوای میرزای شیرازی در تحریم توتون و تنباکو
در جریان سفر سوم ناصرالدین شاه قاجار به اروپا، قراردادی استعماری با کمپانی رژی انگلستان بین دول ایران و انگلیس به امضا رسید که بر اساس آن امتیاز تجارت توتون و تنباکو به کمپانی رژی واگذار شده بود و این موضوع در اصل با استقلال کشور ایران سازگاری نداشت و اقتصاد کشور را در اختیار غربی‏ها می‏‌گذاشت، مرحوم آیت الله العظمی سید محمد حسن شیرازی معروف به میرزای شیرازی که حوزه علمیه خود را از نجف به سامرا منتقل کرده بود، به محض اطلاع از این قرار داد استعماری نامه‏ای به ناصرالدین شاه نوشت و او را به حفظ استقلال کشور و لغو این قرار داد 
فرا خواند که ناصرالدین شاه به این نامه پاسخی نداد و میرزای شیرازی هم گفته بود حالا که شما این قرار داد را باطل نمی‏کنید ما آن را باطل می‏کنیم و ناگهان فتوایی تاریخی صادر کرد که:
«بسم الله الرحمن الرحیم، الیوم استعمال تنباکو و توتون بایّ نحو کان در حکم محاربه با امام زمان علیه السلام است. حرره الاقل محمد حسن شیرازی».
به محض این‌که این فتوا با اولین محموله پستی به آیت الله العظمی آشتیانی از مراجع و علمای تراز اول تهران رسید، بلافاصله به دستور ایشان در یک‌صد هزار نسخه بازنویسی و تکثیر یافت و به تمام نقاط ایران رسید و آنچنان تأثیر گذاشت که حتی در حرمسرای ناصرالدین شاه، خدمه وی قلیان‏ها را شکستند و توتون و تنباکوها را به آتش کشیدند!
اعتماد السلطنه در کتاب خاطرات خود از نفوذ فتوای میرزای شیرازی می‌‏نویسد که در آن زمان به تازگی در تهران میدان بزرگی برای مسابقه اسب سواری فراهم شده بود و هر روز حدود ۳۰ هزار نفر از جوانان به تماشای این مسابقه می‏پرداختند که بعد از فتوای میرزای شیرازی در این ۳۰ هزار نفر حتی یک نفر از جوانان حاضر به سیگار کشیدن نبود‍!
این‌که می‏گویند حرمت مراجع عظام تقلید باید حفظ شود برای نقش آفرینی در چنین روزهایی است که کمر دشمن را با یک فتوا بشکند.
   فتوای جهاد آیت الله العظمی سیستانی
پس از اشغال پی در پی بخش‌های وسیعی از کشور عراق که عمدتا با تبانی آمریکایی‏ها و بعثی‏ها و برخی مسئولان محلی و با خیانت و خلع سلاح ارتش و محافظین شهرها و استان‌ها انجام شد، به ناگاه مسئولان عراقی دیدند که کشور عراق با توطئه بزرگی روبه‌رواست و وهابیون و تکفیری‏ها سپاهی به اسم داعش ایجاد کرده‌اند و اینها با جنایات وحشتناک و سربریدن‏ها و خونریزی‏ها در حال حرکت به سمت شهرها و عتبات عالیات هستند و بغداد هم در معرض سقوط است و هر چه دولتمردان عراقی به آمریکایی‏ها التماس می‏کردند که به ما کمک کنید و جلو پیشرفت داعش را بگیرید که آن‌ها جواب منفی می‏دادند و مشخص بود که برنامه ریزی خودشان است و داعش و دیگر گروه‌های تکفیری توسط عوامل آن‌ها در منطقه مانند سعودی‏ها و دیگران سازماندهی شده‌اند و قصد اشغال کل عراق را دارند.
در این هنگام بود که دست یداللهی ظاهر شد و با یک فتوای جهاد آیت الله العظمی سیستانی تمام معادلات و برنامه ریزی غربی‏ها و صهیونیست‌ها و وهابی‏های سعودی به هم ریخت و میلیون‌ها جوان آماده شهادت و حفاظت از شهرها و روستاهای عراق شدند و شهید بزرگوار قاسم سلیمانی و همرزم فداکار او شهید ابو مهدی 
المهندس تلاش بسیاری در ساماندهی و آموزش نیروها کردند و بالاخره با تلاش و کوشش و جهاد پیوسته، کل عراق را از سیطره داعش پاک کردند و در همین مدت کوتاهی که داعش برخی شهرها و روستاهای کردنشین، سنی نشین و یا شیعه نشین را اشغال کرده بود چه جنایاتی انجام داد و هزاران کودک و نوجوان را به شبکه‏های قاچاق انسان که صهیونیست‌ها هستند فروختند و آن‌ها اعضای بدن آن‌ها را به تاراج بردند و چقدر به نوامیس مسلمین بی حرمتی و تجاوز کردند و خلاصه هر کار پست و شیطانی بود اینها مرتکب شدند و لذا الان شهرها و روستاهایی که در اشغال داعش بودند قدر فتوای آیت الله العظمی سیستانی این مرجع هوشیار و بیدار را بیشتر می‏دانند چرا که اگر این فتوا نبود آینده عراق کاملا مانند پرچم داعش، سیاه می‏شد.
خوب حالا این آقای پاپ که ادعای صلح و  دوستی دارد چرا آن زمان که کشور عراق غرق در این مصیبت‏ها بود و حتی مسیحیان عراق هم مورد ستم و تجاوز داعش بودند به یاری ملت عراق بر نخاست و حتی به طور لفظی هم در مقابل غربی‏ها و صهیونیست‌ها و حمایتشان از داعش موضع نگرفت، امّا حالا که مجاهدان عراقی پیروز شدند و دشمنان را تار و مار کردند و کشور را نجات دادند به فکر صلح افتادند و حتی همین الان هم حاضر به محکومیت آن‌ها نیستند و عجیب است که وی در دیدار الکاظمی نخست وزیر عراق می‏خواهد که سلاح‏ها را زمین گذاشته و خشونت‌ها را پایان دهند که از این سخن معلوم می‏شود که هدف اصلی سفر تحت عنوان صلح، خلع سلاح مجاهدین و نیروهای حشد الشعبی است و در حقیقت باز می‏خواهند ملت عراق را بی دفاع و بی حفاظ
 کنند تا جنایتکاران دست پرورده اربابانشان دوباره به جان مردم مظلوم عراق بیفتند.
البته قطعا با مواضعی که حضرت آیت الله العظمی سیستانی در دیدار پاپ بیان فرمودند و حتی از ملت مظلوم فلسطین هم دفاع کردند، آنان به اهداف صهیونیسم مسیحی خود نخواهند رسید و ملت عراق وحدت خود را حفظ خواهد کرد.
حرکت‌های جهادی در حوزه نجف منحصر به اینها نیست و اگر شرح مجاهدات علمای آن حوزه یک‌هزار ساله بخواهد تبیین شود کتاب‌ها باید نوشت، حالا چنین حوزه‏ای که پیشگام در همه‌ مبارزات ضد استعماری و استکباری بوده است را به حوزه‏ای ساکت و خاموش متهم کردن جفا نیست!
   نقش مراجع نجف در پیروزی انقلاب مشروطه ایران
حتی پیروزی انقلاب مشروطیت در ایران مرهون حمایت مراجع ثلاثه نجف یعنی آخوند ملا محمد کاظم خراسانی صاحب «کفایة الاصول»، شیخ عبدالله مازندرانی و میرزا حسین خلیلی تهرانی بود که به مخالفت با مظفرالدین شاه قاجار پرداختند و از مشروطه خواهان حمایت کردند، آن‌ها حتی شاه ایران را تکفیر و از سلطنت خلع کردند. آخوند خراسانی انقلاب مشروطیت را نوعی جهاد می‌دانست که می‌بایست همه مسلمانان در آن شرکت کنند و او شرکت همگان را در این امر واجب کرده بود.
   سیر تطور حوزه قم، تلاش‌های آیت الله العظمی
 حائری یزدی، آیت الله العظمی بروجردی و امام خمینی
در بحث حوزه‏‌های ایران باید بگوییم که قبل از قم مرکزیت حوزه تقریبا حدود ۳۰۰ سال از عصر صفویه تا اواخر قاجاریه در اصفهان متمرکز بود و البته شهرهای مهمی چون مشهد، شیراز، تبریز، یزد و همدان هم از حوزه‏های پرباری برخوردار بودند که شرح مجاهدت‏های آن‌ها لااقل از زمان مجلسی‏ها در اصفهان و کبار علمایی که پدید آمدند و چه حرکت‌هایی داشته‌اند، شرح و بسط مفصلی می‏طلبد که از حوصله این یادداشت دیگر خارج است و اما حوزه قم که قدمتی یک‌صد ساله دارد هم شرح و بسط مفصلی می‏طلبد، امّا اگر کسی به نقش آفرینی حضرت آیت الله العظمی حاج شیخ عبدالکریم حائری مؤسس حوزه و شرایط آن روزگار خفقان رضا خانی توجه کند متوجه می‏شود که این عالم بزرگوار با چه زحمتی و خون دلی این حوزه نوپا را حفظ و آبیاری کرد تا به رشد و کمال برسد. رضاخان قلدر در سال ۱۲۹۹ شمسی با کودتایی که توسط انگلیسی‏ها حمایت می‏شد بر کشور ایران حاکم شد و این بعد از آنی بود که سه سال متوالی دولت‌های روس و انگلیس مردم ایران را مانند «شعب ابی طالب» در گرسنگی و قحطی مصنوعی قرار دادند، آنان تمامی مرزهای غربی، شرقی – جنوبی و شمالی ایران را مسدود کردند و مانع از ورود هر کالا و مواد خوراکی شدند و حتی رذیلانه گندم و مواد غذایی موجود در شهرها را خریدند و مردم هم نمی‏دانستند که چه نقشه‏ای برای آنان کشیده‌اند و خلاصه قحطی سه ساله ایجاد کردند و از جمعیت ۲۰ میلیونی ایران در آن زمان، ۹ میلیون نفر در اثر گرسنگی و طاعون و وبای ساختگی آن‌ها مردند و هنگامی که رمق ملت گرفته شد ظالمی مثل رضا خان را مسلط کردند.
بعضی می‏‌گویند چرا وقتی مدرس را تبعید کردند علما و ملت قیام نکردند!‌ خب کاملا معلوم است آن‌ها سه سال جان ملت را از گرسنگی گرفتند و 
۹ میلیون نفر از بین رفتند و آن‌هایی هم که باقی مانده بودند تاب و توان استقامت نداشتند خوب حالا در چنین شرایطی آیت الله العظمی میرزا عبدالکریم حائری حوزه قم را تأسیس می‏کند، رضا خان 
هم اهداف دشمنان و انگلیسی‏ها را مانند کشف حجاب و قدغنی هر گونه عزاداری برای امام حسین (ع) و ممنوعیت لباس روحانیون را یکی پس از دیگری اجرا می‏کند.
رضا خان حتی همسر خود را با همراهانش دستور می‏دهد به قم بیایند و در حرم حضرت 
معصومه (س) بی‌حجاب بچرخند و بگردند که با مخالفت مرحوم آیت الله العظمی شیخ محمد تقی بافقی روبه‌رو می‏شود و خبر به گوش رضا شاه می‏رسد و بلافاصله با وزیر دربار به قم می‏آید و با چکمه هایش وارد حرم حضرت معصومه شده و مرحوم آیت الله العظمی بافقی را شخصا کتک می‏زند و چکمه اش
 را بر گردن او می‏فشارد به‌طوری که نزدیک بود جان بدهد و سپس او را به زندان می‏افکند و پس از چندی با وساطت آیت الله العظمی حائری یزدی او را آزاد ولی به شهر ری تبعید می‏کند و تا آخر عمر نیز همانجا از دنیا رفت.
حالا در چنین شرایطی که تاب و توان مقاومت برای ملت نمانده و حوزه‏ها و علما همه تار و مار شده و
 آیت الله العظمی حائری توانسته حوزه‏ای را در قم سرپا کند، رضا خان خود اقرار کرده که چندین بار قصد داشته است حوزه قم را با خاک یکسان کند ولی دنبال بهانه‏ای بود و مرحوم آیت الله العظمی حائری یزدی با صبر و حلم، نگذاشت رضا خان هیچ بهانه‏ای برای چنین کاری پیدا کند، حالا اگر کسی بگوید این حوزه قم چرا در آن موقع قیام نکرد ؟! خب طبیعی است شرایط مهیا نبود، علما‌ هیچ‌وقت کار غیر عاقلانه انجام نمی‏دهند و برای هر کاری و حصول نتیجه محاسبه می‏کنند و در آن شرایط ایجاب می‏کرد آیت الله العظمی حائری با سکوتش حوزه قم را از گزند رضاخان حفظ کند تا این حوزه به رشد و کمال لازم برسد و طلابی را تربیت کنند و در حقیقت نیروی حوزوی انقلاب آینده امام خمینی را تأمین نمایند و ملت ایران هم بتواند بعد از آن قحطی‏ها و سختی‏ها قدری خودش را بازسازی کند تا بتوانند در حمایت از علما و روحانیت به میدان بیاید.
رفتار حضرت آیت الله العظمی بروجردی هم که مرجعیت عامه در جهان اسلام پیدا کردند با کمال ظرافت و رعایت مصلحت‌ها و اولویت‌ها بود و خود حضرت امام هم یکی از کسانی بودند که موجب هجرت آیت الله العظمی بروجردی از بروجرد به قم شدند و سال‌ها این مرجع عظیم الشأن و دیگر علمای بلاد تلاش کردند تا حوزه‏های علمیه سامانی بگیرد و مکتب تشیع در عالم اسلامی از مهجوریت در آمده و حتی الازهر مصر رسما فتوا داد و مذهب شیعه را به عنوان یکی از مذاهب رسمی پنجگانه معرفی کرد.
بعد از ارتحال آیت الله العظمی بروجردی و غائله انجمن‏های ایالتی و ولایتی حرکت امام خمینی و دیگر علما و مراجع در قم آغاز شد و در خرداد ۱۳۴۲ به اوج خود رسید و حدود ۱۵ سال این حرکت انقلابی فراز و نشیب داشت تا بحمدالله به نتیجه رسید و نظام مقدس جمهوری اسلامی به بار نشست. خب شما وضعیت اجمالی حوزه قم را در یک‌صد سال اخیر مشاهده می‏کنید، چه سیر تطوری دارد، حالا آیا درست است دچار افراط و تفریط بشویم و عده‏ای را متهم به بی تحرکی و صامت و راکد بودن و یا طور دیگر تفسیر کنیم و حال آنکه همه علما در مقطع خود بر اساس تکلیف خود عمل کرده‌اند و مأجور هستند.
بنابراین هیچ فرقی بین حوزه قم و نجف نیست، آن‌هایی که حوزه نجف را غیر انقلابی معرفی می‏کنند پس این همه فتواهای جهاد با کفار و استعمارگران را چه می‏گویند؟!
  مبارزات آیت الله العظمی سید محسن حکیم با حزب بعث عراق
مرحوم آیت الله العظمی سید محسن حکیم نیز که در زمان خود مرجعيت عامه پیدا کرد با پیدا شدن حزب بعث با تمام وجود با آن‌ها مقابله کرد و با فتوای: «الشیوعیه کفرٌ و الحاد» بزرگ‌ترین ضربه را به حزب بعث وارد کرد و تا وقتی هم زنده بود حزب بعث جرئت خیلی از کارها را نداشت چون قدرت مرجعیت فراگیر بود و عشایر غیور عراق هم همه مقلد او بودند ولی از بعد از ارتحال ایشان به یک هفته نکشید که فشارها به حوزه نجف و ایرانی‏های ساکن عراق شروع شد و به خوبی به یاد دارم که در آن زمان بعثی‏ها بلندگو بر ماشین هایشان نصب کرده و به ایرانی‏ها هشدار می‏دادند که یک هفته فرصت دارید عراق را ترک کنید که ما هم در همان زمان به ایران بازگشتیم.
صدام و حکومت بعثی بعدها از کینه‏ای که از 
آیت الله العظمی حکیم به دل داشتند تمام فرزندان و دودمان ایشان را شهید و آواره کردند، البته به دیگر علما هم رحم نکردند، بسیاری از علما را در زندان‌های مخوف کشتند و جسدشان را هم تحویل ندادند و معلوم نیست بعد از انتفاضه عراقی‏ها بر سر حضرت آیت الله العظمی خویی چه آوردند که مرموزانه در بیمارستان از دنیا رفت.
در زمان جنگ اعراب و اسرائیل واکنش‏های علما و حوزه نجف را ببینید، بیانیه آیت الله العظمی خویی را در آن مقطع ببینید و بیخود صغری و کبری غلط برای خود نچینید و بعد هم نتیجه بگیرید که حوزه نجف سنتی است و انقلابی نیست! خیر آقا هر دو حوزه قم و نجف هم سنتی بوده‌اند به وقتش و هم انقلابی بوده‌اند به وقتش و سعی نکنید از هر فرصتی سوء‌ استفاده
کنید و بین این دو حوزه کهن که مانند دو بال برای جهان تشیع هستند، افتراق ایجاد کنید!
الا الی الله تصیر الامور
مرتضی نجفی قدسی