محمدجواد ظریف وزیر امور خارجه کشورمان با انتشار توئیتی به ردپای جدی رژیم صهیونیستی در ترور محسن فخری‌زاده اشاره کرد و نوشت: تروریست‌ها یکی از دانشمندان برجسته ایرانی را ترور کردند. این عمل بزدلانه که شواهد جدی از نقش اسرائیل در آن دیده می‌شود، نشان‌دهنده جنگ طلبی از سر بیچارگی مرتکبین آن است.

وی افزود: ایران از جامعه بین‌المللی، بویژه اتحادیه اروپا می‌خواهد که استانداردهای دوگانه شرم‌آور خود را خاتمه دهند و این عمل تروریستی را محکوم کنند.