فتنه‌ ۸۸ علاوه بر اينكه حيثيت نظام اسلامي را در نزد جهانيان لكه‌‌دار كرد، در داخل كشور نيز ذهنيت جمع زيادي از مردم را كه صادقانه در انتخابات شركت كرده بودند، مشوش كرد. بنابراين ممكن است گفته شود طرح ادعاي تقلب منجر به آن شد كه بخشي از نخبگان و آحاد رأي دهندگان نسبت به درستي نتيجه اعلام شده دچار ابهام شوند. چرا به اين واقعيت توجه نشد؟ پاسخ آن است كه نه تنها به اين واقعيت توجه شد، بلكه تلاش‌هاي گوناگوني هم براي ابهام‌‌‌زدايي به عمل آمد كه ريشه در اعتقاد رهبر انقلاب در به حق دانستن جامعه و صيانت از حق‌الناس داشت. حرف آقا در ديدار با نمايندگان ستادهاي نامزدهاي انتخابات ۸۸ دو جمله بود؛ ايستادگي بر موضع ابطال باطل و احقاق حق. آقا در انتخابات سال ۸۸ همان موضع و رفتاري را داشتند كه در انتخابات پيش و پس از آن سال داشتند؛ يعني ايستادگي صادقانه بر موضع صيانت از رأي مردم كه مصداق جمهوريت نظام و به تعبير ديني و رسايشان حق‌الناس بوده و هست؛‌ فلذا حرف نخست آقا اين بود كه اصرار بر ابطال انتخابات آن هم بدون منطق و مدرك، اصرار باطلي است؛‌ اما چون حق‌الناس شقوق متعددي دارد كه يكي از آنها رفع شبهه از حقيقت رأي است،‌حرف دوم رهبر انقلاب اين بود كه ابهام داشتن در نزد عده‌اي، يك واقعيت است و توجه به اين واقعيت و كشف حقيقت، انتظار حقي است كه رهبري پاي آن ايستاده است:
«آنچه كه دوستان گفتند، تقريبا يك بيان ديگري بود از همان شكل جمع‌بندي شده‌اي كه آقاي الويري بيان كردند. و خب اينها همه واقعاً شبهه است و در ذهن كساني وجود دارد و بايد هم اين شبهات را بر طرف كرد. يعني اگر چنانچه نگاه به مسائل ديگر هم نبود، بالاخره يك جمعي از دوستان و اهالي انقلاب نسبت به يك قضيه‌اي اگر ابهام دارند، درستش اين است كه ما ترتيبي بدهيم، كاري بكنيم كه اين ابهام برطرف بشود. [اما] راه دارد؛ راه قانوني دارد.»
رهبر انقلاب سپس به منطق‌شان در مواجهه با مسئولين در مقاطع گوناگون و در عين حال اصرار بر منطق شبهه‌زدايي اشاره كردند: «البته من خودم شخصاً در اين انتخابات هم مثل همه انتخابات‌هاي گذشته – همه شماها مسئولين هستيد، بوده‌ايد و ممشاي بنده را مي‌دانيد- به مسئولين كشور، به وزارت كشور،‌ به شوراي نگهبان، اعتماد كردم؛ در حالي كه مي‌دانيد در موارد متعدد، مسئولين از سلايق مختلف بودند، اما من به مقام مسئولي كه مي‌شناسم و قاعده كار او را مي‌دانم اعتماد مي‌كنم. در اين نوبت هم همين‌جور است، من اعتماد مي‌كنم؛ اما اين اعتماد من موجب نمي‌شود كه اگر چنانچه شبهه‌اي در ذهن كساني هست، اين شبهه دنبال نشود و تعقيب نشود و بررسي نشود و حقيقت قضيه آشكار نشود؛‌نه، شبهات را برطرف كنيد.».
و آنگاه خيال همه را از نامزدها و شوراي نگهبان و وزارت كشور راحت كردند:‌ «من به آقاي مهندس موسوي هم گفتم؛ ايشان هم قبول كرد از من كه راه، راه قانوني است؛‌از همان طريق قانوني مشي كنند، من هم قرص و محكم پشتش مي‌ايستم. شما بدانيد من با آقايان شوراي نگهبان و با آقايان وزارت كشور رودربايستي ندارم؛ مي‌ايستم پايش تا اينكه اين قضيه حل بشود.».اي كاش افراد مدعي با اين موضع آقا به دنبال كشف حقيقت رأي مردم برمي‌آمدند تا سيه‌روي شود هر كه در او غش باشد؛‌ ليكن چنين نشد؛ چرا؟ رهبر انقلاب در پايان همين جلسه با نمايندگان ستادهاي نامزدها كه تني چند از اعضاي شوراي نگهبان و مسئولين وزارت كشور نيز حضور داشتند تأكيد كردند تمام صندوق‌هايي كه نامزدها در مورد آن هر نوع شكايتي اعم از عدم حضور نمايندگان نامزدها يا مخدوش بودن آراء و … دارند، و يا به شكل تصادفي، تعدادي از صندوق‌ها را بازشماري كنند و اگر تفاوت معناداري مشاهده شد كار را تا بازشماري همه صندوق‌ها ادامه دهند.